而南镇抚司对内，负责的就是锦衣卫内部的军纪、法纪、一旦发现锦衣卫内部有违法人员，这些事都交由南镇抚司管辖，而除此之外，南镇抚司有属于自己的"科研机构"，他们同时还担负着军事武器的研发。
锦衣卫第一任指挥使叫做毛镶，在朱元璋的授意下正是他一手炮制了大量的冤案，而最终他的人头也被朱元璋拿来祭旗，鉴于锦衣卫当时制造了大量的冤案，朱元璋晚年开始裁撤锦衣卫，直到明成祖朱棣时期才重新设立，然而在设立锦衣卫的同时朱棣又设立了东厂，所以在这之后锦衣卫一直被东厂压着。
直到嘉靖年间，锦衣卫指挥使陆炳才逐渐摆脱东厂的阴影，在陆炳担任指挥使期间，是锦衣卫历史上最辉煌的时候。
而"六扇门"很多人以为他是一个衙门，其实他只是一个机构，他只是古时候老百姓对衙门的代称，或者是三法司衙门的统称，因为古代的衙门一般都是三开门，每个门都安着两扇门，所以民间便以"六扇门"来作为衙门的代称。
