由于土司是世袭制的，他们对平民的压迫，朝廷也管不到，改土归流后，才结束这种局面。为了控制云南，清朝在云南边疆地区，派兵进行驻防，不仅云南有边防军，东三省、蒙古、新疆、西藏等许多地方，清政府都有派兵驻守。这些驻军大多数由汉族的绿营兵担任。在和缅甸确定边界后，清政府还派兵巡逻边界关卡。在边疆重要的道路上，清军筑城、维护道路，定期派兵巡逻哨卡，彰显领土主权。
4：清朝治理下的云南
清朝统一云南后，开始着手发展云南，当时的清朝，重视边疆，对边疆地区实行开发，在改土归流的政策下。云南地区不断发展商业、移民实边，开垦屯田。军事上实行边防驻军和巡逻、建立汛塘、卡哨制度、推行儒家文化，甚至在云南边疆地区，实行科举制度考试，在一系列的政策下，清朝对云南的控制要高于以前任何朝代。
同时也增强了边疆地区对国家的向心力，从古代的历史中来看，边疆地区的变化，可以分为两种状态。第一：原本属于统一王朝的边疆地区，经过朝代的更替，边疆地区变成内地；第二：经过朝代的统治，后期朝代的更替，边疆地区变成今天域外地区。两种情况，奠定今天中国版图的边界。曾有人说，早期的中国古代，边界处于势力范围，并没有明确的边界线，有明确的边界线，还是清朝时期。
