胡惟庸跟他早年间便经常发生矛盾，等到刘基辞官后，他在朝廷中已经是宰相了，但仍然不放过刘基，散播谣言，说刘基看中一块风水宝地，其中富含"龙气"，这自然让皇帝很是生气，下令剥夺了他的俸禄。刘基从好友那里打听到，这是胡惟庸故意做的，为了避免皇帝误会，他亲自去解释，请求在南京居住，等到他病重的时候，朱元璋看他没什么威胁了，这才让他回乡养病，不久后他便去世了。
刘伯温死的时候，他跟子孙说了最后的遗言，"我死了，刘家虽然被打压了，但是我已经预测到十年之内圣上会为我平反的，五世之后，刘家也会出现一个奇才，重新光耀门楣。"事实正如他所预料的，弘治年间，朱祐樘惋惜刘基的晚年遭遇，又感念此人立下额汗马功劳，想要补偿刘家，所以下令让人找到刘基后代，当时刘基的五世孙被人诬陷入狱，皇帝便下令赦免，又让他做了大官，称他是个"奇才"，如此他的话都被证实了，刘家果然重新振兴了。
可刘基晚年的悲惨遭遇实在是令人唏嘘不已，他前半生渴望着施展抱负，可等到真正用尽毕生所学之后，换来的却是皇帝的猜忌，被人谋害，最终只是默默死去。这样的事在历史上比比皆是，统治者需要他们登上帝位，可等成功后，又害怕他们的能力威胁到自己的皇位，为了皇位，统治者自然什么都能做的出来，如此刘基没有被处死已经是很幸运了。
参考资料：
【《明史卷一百二十八列传第十六》】
