在朱高煦等人打算离开南京的前天晚上，徐辉祖邀请外甥朱高煦来家做客，朱高煦察觉舅舅的眼神有异常，饭都没吃，躲到了马棚里。徐辉祖找不到朱高煦，以为朱高煦逃跑，连忙召集众人持刀搜索，找了一夜，也没找到。第二天清晨，朱高煦扮成马夫，抢了一匹马逃离南京。舅舅徐辉祖一路追杀，可惜没能追上。《明史纪事本末》记载：
辉祖察高煦有异志，非但不忠，且叛父，他日必为大患……高煦阴入马厩，取其马以行，辉祖追之，不及。
关于徐辉祖追杀朱高煦的细节，很多史书上都有介绍。有人认为，舅舅徐辉祖实际上并不想杀朱高煦，只是想把他抓住关押起来。但按照王世贞的说法，徐辉祖当时是想大义灭亲，因为他一旦抓了朱高煦，就等于和朱棣撕破脸，抓和杀，没有区别。因此，他绝对不是简单的抓自己的外甥。
