在这样的背景下，他将皇子们都封到各地为王，并且各自都有不多不少的兵力，以宗族血脉的关系将皇子们连接在一起，共同保护朱家江山。虽然规定皇子不可直接干预地方政事，但如若封地内有臣子反叛，当地皇子就可以起兵镇压，将反叛的力量扼杀在摇篮里。
而为了让皇子之间不争权，除了儒家宗族思想的教育之外，他在1368年时，就已经将朱标立为太子，以绝其他皇子争夺皇位之心。不料朱标气短1392年时就因病去世。于是朱元璋又赶紧立朱标之子朱允炆为太子，以继续稳定各藩王的心。
而朱棣在1380年就得到了自己在北平的封地，称为"燕王"，而朱权则在1391年获得大宁封地（现内蒙古东南区域），称为"宁王"。朱标死时，权势最大的皇子就是秦王、晋王和燕王朱棣了。但1395年和1398年时，秦王、晋王都相继去世了，朱棣就失去了对手。
