泰昌元年（1620年9月26日），朱由校十六岁的时候，他的父亲明光宗朱常洛因为体弱多病再加上乱吃药，导致其在位仅一个月就死了。朱常洛死之前也没有答应让李选侍当皇后，所以李选侍不能当太后垂帘听政了，于是她就把朱由校软禁到乾清宫里，自己就赖在里边不走，当时她身边还有个帮手就是后来权倾朝野的魏忠贤。
朱常洛死后，按规矩朱由校应该登基，但是现在被软禁起来了，可把朝廷大臣们急坏了。当时朝廷主流的大臣，就是著名的东林党。虽然东林党在政治上有些糊涂的地方，但同时也是肯干事的人，愿意为天下为朝廷负责的人。这一大臣们见皇上被软禁了，于是就去闯宫，想把小皇上抢出来。当时宫里有一个非常有正义感的太监王安，跟大臣们接上头后，就背着李选侍偷偷把小皇上从乾清宫领了出来，领到了太子办公的地方也就是现在的文华殿。这场不合常理的闹剧就是明末三大案之一的"移宫案"。
大臣们把太子带到文华殿后，直接把朱由校扶到了龙椅上，群臣一起下跪祈求皇上登基亲政。但是当时已经十六岁的朱由校却对大臣说不敢当，可见他对这些大臣们的抵触。因为虽然朱由校当时已经是十六岁了，但是思维基本还是七八岁的小孩子，只知道吃喝玩乐。而且李选侍给他灌输的思想也是，处理政事太麻烦，后妈帮你管。所以在他心里帮他挡着朝廷政事的后妈李选侍是好人，而这些逼他当皇上的东林党大臣们是坏人。
