洪秀全无法忍受，因此召见韦昌辉秘密地商量对策。韦昌辉自从江西兵败回来，杨秀清便责备他没有功劳，不许入城，韦昌辉第二次请命，才答应。韦昌辉先去见洪秀全，洪秀全假装责备他，让他赶紧到东王府听命，但暗地里却告诉他如何应付，韦昌辉心怀戒备去见东王。
韦昌辉谒见杨秀清时，杨秀清告诉他别人对他呼万岁的事，韦昌辉佯装高兴，恭贺他，留在杨秀清处宴饮。酒过半旬，韦昌辉出其不意，拔出佩刀刺中杨秀清，当场穿胸而死。
紧接着，韦昌辉向众人号令："东王谋反，我已从天王那里领命诛杀他。"他出示诏书给众人看，又剁碎了杨秀清的尸身让众人吃下，命令紧闭城门，搜索东王一派的人予以灭除，东王一派的人十分恐慌，每天与北王一派的人斗杀，结果是东王一派的人多数死亡或逃匿。
