"珪谴责贺夫人，囚，将杀之。会日暮，未决。夫人密使告绍曰："汝何以救我？"......绍年十六，夜，与帐下及宦者宫人数人通谋，逾垣入宫，至天安殿。左右呼曰："贼至！"珪惊起，求弓刀不获，遂弑之。" --《资治通鉴·卷一百一十五》
贺氏为了求生，便暗中派人通知儿子拓跋绍，要他带人入宫营救自己。拓跋绍得到消息后，经与帐下武士以及宦官等数人密谋后，率领心腹十数人跳墙闯入宫中，在击杀前来抵抗的侍卫后，将尚未来得及逃脱的拓跋珪乱刀砍死。
拓跋珪遇害时，年仅39岁，时在天赐六年（409年）十月。拓跋珪一世英雄，最终却死在亲儿手中，实在是令人唏嘘。
拓跋绍弑杀父亲后，随即关闭城门，威逼群臣拥戴他继位，并追捕齐王拓跋嗣（北魏明元帝，拓跋珪的长子，拓跋绍的异母兄），但最终并未得逞。
