明英宗回到京城以后，不仅皇位没了，还遭到明代宗的软禁。对于这一切，于谦看在眼里，却无可奈何。在别人看来，皇帝防止太上皇篡位，将他软禁是情理之中的事，于谦不阻止可以理解，毕竟"清官难断家务事"。可是在后来，明英宗发动"夺门之变"，篡夺当今皇帝的位置，于谦也没有阻止，这就让人想不通了。
据史书记载，明代宗重病当晚，孙太后和太上皇一党发动"夺门之变"，于谦为了大明王朝，为了天下太平，听任明英宗的复辟政变，选择了按兵不动，还牺牲了自己。根据于谦的作风，会觉得很荒谬，可是仔细一想，他真的是一个忠心的臣子。
一般情况来说，皇位是由先皇传给太子，由于特殊情况，明代宗的皇位是孙太后诏书所立。如今孙太后站在明英宗那一边，也就是说，既然可以扶他上位，也能废掉他皇位的合法性，按照君臣之道，这是"合理"的。
