小刀会坚守16个月后突围失败，关于周秀英的结局民间有多个说法。有人说周秀英在与清军决战时被围攻而死，她的遗体被游街示众。也有人说周秀英在突围时挨了洋人的冷枪被击落马下被俘，后被凌迟处死。还有一种说法，周秀英在上海城被清军攻陷后躲在民宅里，被搜城的清军拖拽而出不幸被俘。
清军在与各地起义军之间的早期作战连连失利，所以对周秀英这种义军将领怀恨在心。这次周秀英总算是被他们俘虏起来，所以他们便对她进行了严刑拷打，想要让她招供出更多反清势力的据点和核心人物。周秀英宁死不屈，不论是怎样的酷刑都不能让她有半点屈服。清军无法从周秀英的嘴里套出有用的信息，于是便决定将其杀害。
虽然周秀英只有十九岁，但此时的她已是上海百姓的主心骨。周秀英对于起义军来说有特殊的意义，所以，清军并不会草率地将其杀掉，而是要让她死在最繁华的地方，对上海的乱民予以警示。
官府出动了最有名的刽子手，并将周秀英身上的衣服全部扒光，在大庭广众之下将其凌迟处死。在凌迟过后，刽子手还不忘将其心脏剖出，活祭那些阵亡的官兵。
