王郎据邯郸称帝，刘秀被迫辗转奔走，从蓟到达信都。邓禹率领数千人攻拔乐阳后，刘秀和他一起在广阿城楼下看地图，问邓禹："你看，天下郡国有这么多，我们现在却仅仅占有其中的一个而已。你曾说我有希望平定天下，有什么根据呢？"邓禹说："四海离乱，百姓遭殃，人们为了能过安定生活，盼望有个英明的君主，犹如赤子想念慈母。从古到今，是否能平定天下，在乎德义的厚薄，不在乎地盘的大小。"
邓禹曾向刘秀推荐过不少人才，并与盖延等攻击铜马起义军，取得一系列胜利。赤眉进关以后，刘秀预见到刘玄必败，便想乘机坐收渔利，把关中并入自己的势力范围。于是任命邓禹为前将军，调拨给他两万精兵，让他专心经营西线，独当一面。公元25年正月，邓禹自箕关进入河东，与刘玄派出的樊参，王匡，成丹，刘均等部共十多万人的大部队，先后打过多次硬仗，终于平定了河东。刘秀即位做皇帝，拜邓禹为大司徒，封郡侯，食邑万户，当时邓禹年仅二十四岁。
邓禹的排名有水分。他的功劳，能进前五都困难，无法跟冯异、吴汉、耿弇、寇询等相比。
