商量之后，上官婉儿拟定了遗诏，内容主要包括三点：一是传位于中宗幼子李重茂；二是让卫后摄政；三是让相王李旦辅政。这个看似两边都讨好的遗诏，但实际上让两边都不满，因为他们都想大权独揽。卫后率先改了诏书，将相王李旦的辅政改为了太子太傅，这样卫后就可大权独揽。
但此事却让李唐宗室不满，临淄王李隆基和太平公主联手发动政变，诛杀了卫后一党。但上官婉儿却是一个特殊的人，她既是卫后一党，又与太平公主关系密切，甚至在后期开始倒向太平公主。为此，有大臣为上官婉儿求情，希望李隆基放过上官婉儿，但李隆基执意杀了上官婉儿。
李隆基之所以杀上官婉儿，也是有原因的，首先上官婉儿做了很多恶事，让李唐宗族不满和蒙羞，他这样做有助于得民心。其次上官婉儿能力出众，将她留下，定会成为太平公主的左右手，迟早会成为李隆基的心腹之患，所以李隆基知道上官婉儿留不得，于是在诛杀卫后一党时，也一并将上官婉儿诛杀了。
