本雅失里和阿鲁台的分裂给了明军各个击破的机会。首先，明军在斡难河一带大败本雅失里，而后立即回师肿驹河，循路径紧追阿鲁台。当时，阿鲁台驻据"兀儿古呐"，即今额儿古纳河一带。明军对其实施包围，阿鲁台部众动摇，"欲降者半，欲战者半"。明成祖以千余精骑径冲阿鲁台军阵，蒙古军大败，阿鲁台携家属远遁，"弃辎重牛羊杂畜满山谷"。
永乐八年的这一次明军北征，导致了东部蒙古的再次分裂，本雅失里和阿鲁台分道扬镳。本雅失里逃亡西部，依附于察合台汗国，"永乐九年闰十二月，时阿鲁台与本雅失里君臣已各部而居。"
永乐十年，瓦剌太师马哈木"乘本雅失里弱灭之"，杀死了本雅失里，并夺走了元朝历代国玺。战场失败的阿鲁台决定向明朝称臣，永乐年十年十二月，阿鲁台派使者至明朝贡，表示"元氏子孙已绝"，欲率部属来归。永乐十一年秋七月，明朝封阿鲁台为和宁王，封他母亲为和宁王太夫人，妻子为和宁王夫人。
鞑靼与明朝关系暂时缓和下来，阿鲁台依附明朝而自立，然而双方的冲突并未就此结束。当得知本雅失里被瓦剌杀死后，阿鲁台遣使明朝，请求征讨瓦刺。据《明实录》载，"鞑靼太师阿鲁台遣撒答失里等来奏马哈木等弑其主，收回国玺，擅立答里巴为主，请发兵讨之。愿率所部为先锋"。
