明太祖朱元璋驾崩后，皇太孙建文帝即位，采取一系列削藩措施，朱元璋第四子朱棣起兵反抗，反动“靖难之役”。建文帝战败下落不明，或说在宫中自焚死，或说由地道逃出，隐藏于云、贵一带为僧。朱棣即位，是为明成祖。
朱棣进入南京后，大肆杀戮曾为建文帝出谋划策以及不肯降附的文臣武将。明神宗时“录建文忠臣”，在南京立祠祭祀，以徐辉祖、方孝孺二人为首。
徐辉祖是开国元勋徐达长子。他身材魁梧，相貌英俊，才华横溢。父死后袭爵魏国公，在山西、北平等地练兵，并回朝掌中军都督府事。靖难之役时，徐辉祖作为南军主将，于白沟河之战中掩护李景隆撤退，全师而还；又在齐眉山大胜燕军。后被调入南京，淮北南军因此势孤而大败。燕军渡江时，徐辉祖仍带兵抵抗。明成祖篡位后，将其削爵并禁锢于家中。永乐五年（1407年），徐辉祖病逝（一说自尽），年仅四十余岁。
方孝孺是宋濂的弟子。建文帝即位后，官至侍读学士，参预朝政，颇受重用。朱棣攻入京都，方孝孺被俘入狱。朱棣的心腹谋士姚广孝曾对朱棣说：“城破之日，他肯定不会投降，但是希望您不要杀了他。如果杀了孝儒，天下读书的种子都会断绝。”朱棣点头答应了。朱棣想令方孝孺为他起草即位诏书，将他从狱中放出。方孝孺来到殿前放声痛哭。朱棣从龙床上下来，劝慰说：“先生不要伤心了。我只是想学周公辅佐成王。”孝儒问：“如今成王在哪里？”朱棣说：“他已经自焚而死了。”孝儒说：“你为什么不立成王的儿子做皇帝？”朱棣说：“他年纪太小，国家大事还是要依靠年长的国君。”孝儒又问：“那为什么不立成王的弟弟为国君？”朱棣说：“这是我家的家事。”回头命左右呈上纸笔，说道：“诏告天下的事，非先生不可。”孝儒将笔扔在地上，边哭边骂：“死就死罢，要我起草诏书，那是做梦！”朱棣大怒：“我要灭你九族。”方孝孺说道：“就是灭我十族，我也不会为你起草诏书的。”朱棣果然灭了孝儒十族，即九族加上方孝孺的学生。
