可是，在现实情况下，很多公务并没有办法在短时间内处理完毕。所以，那些被外派担任总督的京官，在地方办事任期会加长。这对官员造成极大不便。无论公务，或者官员私事，都有较大弊端。
而且，长时期的任职，以及朝廷赋予的种种权力，让名义上是京官的总督、巡抚，打破了明朝原有的地方体制，取代地方三司长官，成为地方实权官员。
明朝君臣都意识到这一情况。但他们没有什么更好的办法，而是采用传统方式，在总督上面加一层督师、经略，就如同最初设立总督、巡抚目的相同，用层层叠架的方式，监督总督、巡抚，保证这些实权官员在朝廷可控制范围内。
