根据南北相关史书的记载，明朝出现的灾情前兆可追溯到明嘉靖时期。万历十三年开始变得明显，时强时弱，1600年左右突然加剧，崇祯时期达到了灾变的高峰。极度寒冷的天气导致粮食产量急剧减少，而且北方的酷寒使降雨区域普遍南移，从而导致全国各地几乎连年遭灾。
"小冰河"时期影响的不仅是农业，还成了战争的导火索。持续干旱导致草场退化，为了生存，北方少数民族频繁南下抢夺物资，大范围的战乱，以及饥荒摧垮了明朝的统治。
旱灾肆虐的同时，鼠疫随之而来。崇祯十六年夏秋间爆发的腺鼠疫，逐渐转化为肺鼠疫。最早从山西爆发，后蔓延至京畿地区。同年八月，天津爆发肺鼠疫，每天被感染的不下数百人。甚至有的一家人全部因此而死，不留一命。京城中的人口死亡率在40%左右，甚至更多，十室九空。崇祯十七年秋天，鼠疫南传到潞安府。最终，这场鼠疫波及华北数省，因此死亡的人数至少在千万人以上。
鼠疫、旱灾、蝗灾以及战乱，导致明朝处于十分脆弱的状态，朝廷自然抵挡不住清军南下。不过令人惊讶的是，蔓延数年的鼠疫在清顺治元年后，就消失得无影无踪，好像从没来过一样，华北各地风调雨顺，经济生产也开始复苏。或许明朝的灭亡，是天意。
