而此时正是蒙古帝国的多事之秋：一方面，黄金家族内部已经形成了各自割据的混乱局面；另一方面，努尔哈赤的后金，也正在利用联姻、贸易等手段，笼络科尔沁、内喀尔喀等蒙古部族，以孤立林丹汗。
林丹汗认为"攘外必先安内"，他着手处理蒙古高原上的内部分裂，然后再集中力量与后金较量。
为此，他主动向南方的大明示好，迫使明朝与其建立了联盟，共同抗击后金。大明也不傻，他们也想"以夷制夷"，用蒙古的力量制约北方的劲敌努尔哈赤。可是，林丹汗想要一统蒙古各部的野心，反而让他在蒙古高原上人心尽失，不少因为害怕他反而倒向了后金。
1625年，林丹汗出兵攻打科尔沁部，结果被努尔哈赤的援军击败。皇太极继位后，更是大搞统一战线，他笼络了蒙古诸部，使得林丹这个蒙古大汗陷入了空前的孤立状态。
