不过沈万三与朱元璋虽没有关系，沈家却千真万确是遭到朱元璋的打击而没落。明朝初期，朱元璋大肆屠杀开国功臣，令沈家触了霉头。而在洪武二十六年的蓝玉谋反案里，沈家遭到了彻底的、毁灭性打击。在胡惟庸案上，沈万三的女婿陆仲和被扣上了"胡党"的罪名满门抄斩。所以，他一面铲除最有威胁性的功臣，一面斩断民间富豪的根，不幸的是，沈家被朱元璋列入了名单之内。
有一天，朱元璋宴请沈万三。朱元璋想出一个计策，做了一盘红烧猪蹄送上来。朱元璋就指着沈万三问道："爱卿此菜何名？"沈万三当即想开口说出红烧猪蹄的名字来，沈万三突然打一个机灵，这猪蹄的猪字，不就跟朱元璋的朱字同音吗？沈万三心想：我要说出红烧猪蹄的名字，那可就是当场骂皇帝，免不了一个死罪，这朱元璋下了杀心！
还好就在他要脱口而出的时候，意识到这是个圈套，赶紧改口说这是"万三蹄"，他的机智救了他一命啊。朱元璋很是失望，但人家骂的是自己，他也无可奈何，没找到给他定罪的理由，不能凭白把人给定罪，这样会让老百姓失望，所以只能放过了他。沈万三在心中暗骂朱元璋真不是个东西，当年自己可没少为他花钱，犒赏三军、建造城池……没想到兔死狗烹，现在他做了皇帝了，居然想要置自己于死地。
