明英宗被俘的消息传回京师，朝野上下顿时一片慌乱，时任兵部左侍郎的于谦（因兵部尚书邝埜死于土木堡，于谦实际执掌兵部）处变不惊。在他的建议下，监国的郕王朱祁钰下令急调河南、山东等地军队进京防卫，同时调通州粮库粮食入京，这才稳住局势。
随后，为了防止也先以皇帝相要挟，在明英宗皇子朱见深年仅两岁的情况下，于谦联合大臣奏请皇太后力促郕王继位，郕王朱祁钰逐于九月初六登基。随后，在于谦的指挥下，明军在北京城外大败也先，成功挫败了也先谋取中原的阴谋。
北京保卫战结束后，也先手中的明英宗朱祁镇也就此失去了价值，于是也先主动与明廷议和，并表示愿意放皇帝回京，在明代宗朱祁钰犹豫不决之际，还是于谦出面说服朱祁钰，明英宗朱祁镇这才得以返回京城。
