除了征收赋税之外，户部管辖的第三重要的内容那就是漕运，漕运作为明朝的国家命脉，完全决定着明朝的生死，明代的户部通过多次的对漕运的改革将漕运的管理逐渐完善，比如永乐十三年推行"支运法"，也被称之为"转运法"，即各地漕粮就近运到临近的储存漕粮的仓库，再通过仓库分段转运到达京城；宣德十年户部又改革为"兑运法"以及成化七年再次推广的"长运法"。随着漕运的改革，相应法律法规也逐渐成熟，这里不再一一赘述具体内容。
明代户部管理如此之多的钱粮，那么必然需要地方储存，而储备在京畿地区的京通仓以及户部直辖的太仓库可谓是户部的身家性命了，户部会将每年各地起运到京城的钱粮进行登记造册再进入仓库储存。
每年户部还会对全国各地的仓库储存钱粮情况进行调查核对，考察过后也要登记造册，保证对国家每个仓库钱粮数目都了如指掌。就连工部管理的节慎库，太仆寺下辖的常盈库户部都要检查，无一例外。
然而明代户部看似风光，执掌天下钱粮，实际上也不过就是替皇帝看钱袋子的一个部门罢了。户部的一举一动都需要得到皇帝批准，皇帝不时对于国家财政的正常运行进行侵扰，干预国家财政的正常管理，使得明代钱粮问题逐渐失控，最终引发了明朝严重的财政危机，从而导致了明朝的灭亡。
