董卓经此挫折，并不甘心，他积极寻找东山再起的时机。过了不久，他又被重用。就在这年（公元184年）冬天，北地郡、先零羌等地的羌汉人民响应黄巾大起义。为推翻东汉的统治，向当地官府发动了进攻，他们火烧州郡官府杀死刺史太守。起义大军是此伏彼起，声势浩大。第二年春天，起义军数万人打出了讨伐宦官的旗帜，开始了对长安一带的进攻。这场斗争震动了洛阳。汉灵帝看到西羌问题再一次严重，就急忙起用对付西羌问题有一套的老手董卓为中郎将跟随车骑将军张温，一起出征。在攻打过程中，张温手下诸将均被起义军击退，董卓也一度被起义军逼到一条河边，包围起来。当时前有义军，后有滔滔河水他急中生智，想出了一条计谋。他命令士兵拦河筑坝，假装为了捕鱼充饥，以迷惑起义军，暗地里挖清河坝下游的淤泥，乘着天黑将大军偷偷地带过河，等待起义军发觉追来，他已率军逃过河，并下令开坝放水，还淹死了不少起义军。后因起义军内部发生分歧，放弃了战斗，于是，张温下令班师回朝。张温将此次出征情况禀报朝廷，汉灵帝见董卓立了大功，就下诏封董卓为郡乡侯，赐食邑于户并任并州刺史，让张温通知董卓。而这时，董卓已经知道被封侯的消息，因此趾高气扬起来，认为这次出征能够获胜，完全是自己的功劳，对张温派人来唤他去接受诏封的催促是爱理不理，气得张温心中直骂董卓太狂妄，不识抬举。张温的一些手下如孙坚更是不满董卓居功自傲，气焰嚣张的神态，他向张温指出，一旦董卓大权在握，必然扰乱朝政，建议把董卓除掉。可惜这建议未被张温采纳。
正是这样，董卓凭借着自己统帅的一支极其野蛮残忍且封建地域性极强的凉州兵集团，在镇压西羌人的反抗过程中，乘机扩大势力，确立自己在凉州地区的割据地位。而东汉政府为了对付十分棘手的西羌问题，对董卓也非常器重，多次以升官来笼络他。此时的董卓既是地方军阀，又是朝廷命官，势力可谓是越来越大了。而随着势力的扩大，董卓的政治野心也越来越大了。特别是看到由于农民起义的打击，东汉王朝日益衰落后，他竟滋生了夺取政权，独揽朝政的欲望。他密切注视着时局的变化，等待时机。
随着黄巾起义军的主力被镇压，西羌局势的相对缓和，东汉政府也注意到董卓的势力很大，就想解除他的兵权，以免后患。汉灵帝采取了明升暗降的方法，下诏让董卓到朝廷担任少府。狡猾的董卓一眼看出了东汉统治者的用意所在，于是，就以他率领的胡羌兵极其愚忠和凶悍，自己离开了，恐怕他们不能服从别人指挥，会骚扰地方甚至发生政变为由婉拒了朝廷的命令。公元189年汉灵帝临死 前，拜董卓为并州牧，并要他把军队交给皇甫嵩管理。但董卓又以自已无勇无谋，惟与胡羌兵亲如兄弟为托辞，拒绝交出军队。相反，他以愿意率领凉州兵团，加强北地郡的防务为由，将军队带到了靠近洛阳的河东地区，拥兵自重，进一步等待夺取政权的机会。
