到了征和三年（公元前90年），因为越来越多的巫蛊案被证实是假的，汉武帝也明白过来，自己是错怪了儿子，太子起兵很可能是被江充所逼迫的，正当此时，守卫汉高祖祭庙的郎官田千秋又上紧急奏章，为刘据鸣冤说："子弄父兵，罪当笞。天子之子过误杀人，当何罪哉！臣尝梦一白头翁教臣言。"汉武帝更加肯定太子是被冤枉的。
事情水落石出后，汉武帝追悔莫及，便转手报复当初参与谋害刘据的人。于是他立即任命田千秋为大鸿胪，直接下令将江充满门全部斩杀，和他一起做乱的苏文，因为在当时和江充一起蒙蔽汉武帝，直接被烧死在横桥之上。另外，在巫蛊时，曾因为平乱而得到升迁的御史大夫商丘成、德侯景建、 侍中仆射马何罗，也被处死。
甚至，曾经对太子动武的太守，也被满门抄斩。宫中曾插手过的宠妃赵婕妤和其背后的赵氏集团，也相继被处死。就连丞相刘屈氂，等高级官员也被汉武帝以各种理由被杀或自杀，牵连甚广。据史书记载，巫蛊案牵连的人物多达四十万人。
