但是，中方不能无视黄岩岛上“坐滩”的菲律宾军舰，菲方的行为侵犯了中国的领土主权，也严重违反了双方的共识。当时朱镕基总理率领的代表团计划访菲并出席在马尼拉举办的领导人会议，正在马尼拉访问，代表团停留在了浮罗交怡岛，等待菲方处置搁浅船只的问题。我为此面见时任菲律宾总统埃斯特拉达，他认真听取了我对情况的介绍和北京传来的信息和意见，之后进行了内部协调。
最终菲方承诺将军舰拖回码头。中方代表团顺利抵达马尼拉，第三届东盟非正式首脑会议于1999年12月成功举行。在会议完全结束之前，菲方的“坐滩”军舰返回到码头，时任菲律宾总参谋长安吉洛·雷耶斯给我打电话通告了这个信息。
此后，菲方并没有放弃，又以“地理邻近”为理由，提出对黄岩岛的“领土主权”。2000年菲律宾总统发言人说：黄岩岛是菲律宾领土的一部分，因其位于距离吕宋岛125海里处，而距离中国大陆将近1 000海里，距离海南岛600海里，因此，“中国对于这座岛礁的主权立场缺乏历史与法律基础”。然而，从国际司法实践和国际判例看，所谓的“地理邻近”并不能构成一国侵占另一国领土的依据。很多国家的海外领地都远离本土，比如关岛距离美国本土将近上万公里（从关岛到美国加州西海岸是9 780公里）。
2001年3月15日，菲律宾副总统兼外长金戈纳发表声明说：“黄岩岛是菲律宾领土的一部分，菲方已经对该海域行使主权和管辖权。”在这些激进主张的鼓励下，菲律宾开始在黄岩岛附近海域拦截中方渔船。对此，中方强烈反对，指出：“黄岩岛是中国的固有领土，其海域是中国渔民的传统渔场。菲方无权对在黄岩岛附近海域作业的中国渔船登临检查和采取措施。”
中国与东盟国家经过反复磋商和艰苦谈判，于2002年签署了《南海各方行为宣言》，此后一直到2012年的十年里，中国一直遵守了在《南海各方行为宣言》中的承诺，在涉及南海的诸多事务上保持着克制，并且通过外交渠道不断要求东盟国家遵守共识，不要破坏地区和平稳定。
然而，菲律宾无论是在言论上还是在行动上，都一直在不断强化对南沙一些岛礁的控制和对黄岩岛的侵犯。
根据大陆架界限委员会（CLCS，根据《联合国海洋法公约》设立的机构）的规定，2009年5月13日是各成员国向该委员会提交外大陆架划界信息的截止时间。随着这个日子的临近，南海一些沿岸国家的“蓝色圈地”活动愈演愈烈，菲律宾政府再次在南沙群岛问题上以及针对黄岩岛发起挑衅：
2009年1月28日，菲律宾参议院通过2699号法案（Senate Bill 2699），即《制定菲律宾领海基线的法案》，将黄岩岛和南沙群岛部分岛礁（包括目前在中国台湾当局控制下的太平岛）纳入菲律宾领土；同年2月2日，菲律宾众议院通过第3216号法案（House Bill 3216），将黄岩岛以及南沙群岛的部分岛礁（包括太平岛）划入菲领土；2月17日，菲国会批准《制定菲律宾领海基线的法案》；3月10日，菲律宾总统阿罗约不顾中国抗议，正式签署该法案。
在阿罗约政府时期，中菲双方围绕黄岩岛和南沙群岛在外交上经常发生交锋，不过，菲方在海上基本能保持一定的克制，中菲还在礼乐滩共同开发上达成了共识，并且在联合勘探上取得了一些好的进展。
