1999年6月，菲律宾教育部在新版地图中将黄岩岛，连同整个南沙群岛列入版图。1999年8月菲政府将“南沙群岛是菲律宾领土”列为修宪内容，试图为其领土扩张提供法律依据。
中国测量局、地震局和海洋局于1980年在黄岩岛放置的石碑，图片摄于1995年 资料图
最严重的是，1999年11月3日菲律宾海军派出一艘旧军舰，以机舱进水为由，在黄岩岛潟湖东南入口处北侧实施“坐滩”，向中方声称军舰坏了，无法离开。因为此前在1999年5月已经有菲律宾“马德雷山号”坦克登陆舰在仁爱礁撞滩后，以修船为由从此不走的前车之鉴，这次中方没有再相信菲律宾海军在黄岩岛的托词，施加了强大的外交压力，要求菲方把船拖走。
1999年恰值菲律宾是东盟轮值主席国。东盟国家是中国的友好近邻，中国已经同东盟所有成员国建立了外交关系，并于1996年成为东盟全面对话伙伴国。此后中国同东盟关系顺利发展，高层往来频繁，经贸合作逐步深化。1997年12月，时任中国国家主席江泽民出席了第一次东盟－中、日、韩首脑非正式会议，并与东盟国家领导人发表了《中国－东盟国家首脑会晤联合声明》，确定了中国－东盟面向21世纪睦邻互信伙伴关系的方向和指导原则。1999年11月，第三次东盟非正式领导人会议轮到菲律宾做东，将在马尼拉举行，中国国家总理朱镕基准备应邀出席。当时中国与东盟各国的经贸合作关系发展很快，这次会议对本地区和中菲两国来说都相当重要。
