自己已年老，儿子们还小，万一哪天自己驾鹤西去，司马氏还有可能卷土重来，所以刘裕不仅诛杀了晋安帝和晋恭帝，连在建康的司马氏皇族也全部被他屠杀干净，刘裕的出发点粗暴又简单，就是要斩草除根，以绝后患。
第二，东晋立国已逾百年，虽然孱弱但是在朝野仍有相当的号召力，十几年前的桓楚代晋就很不得人心也说明了这一点，而且东晋的门阀政治根深蒂固，有司马氏在，世家大族仍有很大可能会团结在司马氏身边。
还有一点不同的是，无论是曹魏代汉还是西晋代魏，在此之前都有比较长时间的铺垫和积累，比如曹魏有曹操和曹丕两代，司马氏有司马懿、司马师和司马昭、司马炎三代人的经营，朝野上下基本上都是自己人，而刘裕不同，白手起家根基又不深，朝廷内部也不是铁板一块，这也是刘裕攻下长安后听到刘穆之病逝后就不管不顾匆忙返回建康的原因所在。
