此后陈祖义的海盗活动更加肆无忌惮了，其不仅控制这南洋各海域，而且活动范围往北直至中国沿海到日本海域，往西直至印度洋。陈祖义的海盗集团成了称霸这一条"海上丝绸之路"。他也曾经向明朝示好，给皇帝进贡礼品，但是他进贡的礼品都是从海上各商船上搜刮过来的不义之财，其来源都是劫掠明朝商船所得。这导致陈祖义和明朝的关系一直没有改善，反而更加恶化。
明成祖时期，对捉拿陈祖义的悬赏曾一度提升至750万两白银。但这并没能影响陈祖义猖狂的海盗活动，他不仅劫掠商船，连郑和下西洋的舰队都赶劫掠。他知道郑和是个太监，很是看不起，又认为郑和舰队远道而来，人生地不熟，他若偷袭可以取得成功。
但他没料到的是，郑和其实早有防备，再加上郑和舰队无论是船队规模、兵力、火力都要强于其海盗集团，这种情况下双方激战，海盗被杀5000多人，陈祖义很快败退。但郑和抓住机会穷追不舍，终于将陈祖义生擒并带回北京。
