后来由于锦衣卫权力巨大，皇帝设立了以宦官为主的司礼监，也就是东西二厂，分化了锦衣卫的权力，锦衣卫自身又分化了，成立了南北镇抚司，使其成为独立的诏狱，同时也规定"一切刑狱毋关白本卫"，北镇抚司就主要负责审讯，而侦缉则成为锦衣卫的主要任务，二者分别对皇帝负责。可以说，锦衣卫的权力在不断的退化中。司礼监把持的东西二厂的权力则不断提高。
司礼监是一个侦查机构，而锦衣卫则是执行机构，抓人和杀人都是锦衣卫做的事。审讯的权力都是通过锦衣卫来实现的，到了最后。宦官成为操控锦衣卫头领。此后锦衣卫的权力虽然时消时涨，但一直延续到明朝末年。锦衣卫听命于皇帝，直接对皇帝负责，一方面成为明朝统治者确立权威、控制臣僚、治理国家的有力工具，但另一方面其自身的残酷、不择手段也冲击着明代统治的各个方面。锦衣卫与司礼监一样，都是皇帝控制朝臣的工具，锦衣卫和司礼监都是朝臣的噩梦。
