1856年8月，杨秀清又借天父下凡附体，令洪秀全到东王府封他为"万岁"。洪秀全意识到杨秀清意在夺取皇位，便密令韦昌辉、石达开分别从江西、湖北前线回京采取行动。韦昌辉素与杨秀清有隙，接到密令即带兵3000余人星夜奔京。9月2日，迅速包围了东王府，斩杀杨秀清及其眷属、侍从、亲兵数千人，连婴儿也没有放过。接着又扩大事态，捕杀东党阵营，使天京死难者达2万多人。石达开回京后，责备韦昌辉杀人太多。韦昌辉感到石达开是他夺权的障碍，想谋杀石达开。石达开闻讯坠城逃出天京，韦昌辉竟把石达开一家杀害，并指挥叛军围攻天王府。韦昌辉的暴行，激起了天京官兵的愤怒，受蒙蔽的韦昌辉部属也觉醒，在洪秀全的命令下，合朝同心，把韦昌辉及其党羽200多人一举诛灭，天京变乱终于平息。
石达开逃出天京后，即调4万人马从武昌东来，指名要韦昌辉的人头。至宁国时，洪秀全将韦昌辉的人头送上，并请石达开回京总理国事。但洪秀全因天京的变乱，对异姓王不完全信任，他把庸碌无才的家兄洪仁发、洪仁达封为安王和福王主持军政，对石达开进行监视和遏制，这使石达开很难立足。为避免第二次天京变乱和洪秀全的加害，石达开负气带领数万将士离开天京。6月，到达安庆。在安庆，他逗留了4个月，纠集精兵良将20余万，决心率兵远征，永不回天京。石达开的独立行动，客观上形成对太平天国的大分裂，严重地影响了革命事业的发展。
天京事变发生后，太平天国内部人心涣散，军事形势急转直下，清军陆续在各战场取胜，太平天国控制的区域大为缩小，即使后来太平军攻下江浙一带，形势上一直处于下风，元气大伤，实难恢复。
李秀成
石达开率军出走后，仍然尊奉天王，坚持对清军作战。但终因脱离革命中心，无所依托，被敌人多次包围，屡受挫折。他先是辗转江西、浙江、福建、广西、湖南，然后突入四川，再折回云南……部队连连失利，频频损兵折将。1859年，实力已去其半。
