在秦琼去世后，李世民前往吊唁，伏在棺材上放声大哭，完全不顾及自己帝王的体面。李世民对秦琼有感情，他们曾经一同经历了战场的腥风血雨，奋勇拼杀才建立了唐王朝。
秦琼因为战伤复发去世，李世民怎能不感到悲痛呢？李世民亲自下令：
"赠徐州都督，陪葬昭陵。"
而秦琼的儿子为何没能陪葬昭陵？就是因为秦琼的嫡子，全部被王世充杀害。秦琼没有再续弦，只有几个小妾所生的儿子，皆为庶出。在秦琼墓志铭记载中：秦琼有三子，名为秦怀道、秦某道、秦善道，皆为庶出。
正是因为秦琼儿子均是庶出，在唐朝的史书中，对他们少有记载。秦琼三个儿子没有嫡子的身份，因此没有机会，得以陪葬昭陵。从秦琼儿子，同尉迟恭和程咬金儿子的待遇差别，可见古代嫡长子继承制的根深蒂固。
