实际上北匈奴和南匈奴的Y染色体也有很大的区别。根据《匈奴时代的蒙古高原古DNA揭示匈奴人形成和基因结构》的内容可以得出，南匈奴主要起源于漠南一带的鄂尔多斯文化，其族群的主要Y染色体为O3，以及少量的C、J等。对南匈奴后代的呼延、呼、慕容、尉迟、赫连、宇文姓氏的DNA测试结果显示，其O3占据主导。北匈奴主要起源于漠北的石板墓文化，Y染色体主要是R、J、E等，这些基因主要来自于西亚一带。
匈奴分裂后，南匈奴的各部落大量南下涌入了中原地区，后来融入了汉族之中。而北匈奴的平民大部分留在了漠北，后来被鲜卑族同化，而大部分北匈奴贵族选择了西迁。但是匈奴人在西迁的过程中，又不断和周边的民族融合，加入了大量的西亚、北欧族群，于是变得更加复杂。因此，我们不能说北匈奴就是匈人，匈人实际上已经是被融合很多次的新民族了，北匈奴只是其中之一。
那么北匈奴是如何迁徙到欧洲的呢？匈奴的西迁历史要从东汉早期说起。在公元46年，匈奴境内发生了大规模蝗灾，导致畜牧业严重受到打击，于是乌桓乘机进攻，使得匈奴分为了南北两部。此后，南匈奴加入汉朝，而北匈奴和汉朝为敌。公元87年，匈奴遭到周边的丁零、鲜卑的围攻，于是汗国瓦解，部落叛离。公元89年，东汉派遣窦宪破北匈奴于稽落山，公元91年，汉将耿夔又破北单于于金微山。此时的匈奴无法在漠北立足，于是选择西迁。
