汉军乘胜追击到天山，在会战中再度大破匈奴，斩杀过千。汉军随后继续西进，攻取了丝绸之路上的咽喉之地车师前后两国。
东汉朝廷随后重新设立西域都护府，陈睦任都护。同时也恢复了戊己校尉制度，戊校尉由耿恭担任，驻屯于车师后国的金蒲城（巴里坤县），扼守天山通往北匈奴的要道；己校尉由关宠担任，驻屯于车师前国的柳中城，两地互成犄角之势。
耿恭是陕西扶风人，出生于将门之家。他的祖父耿弁就曾经被刘秀拜为建威大将军，南征北战为东汉的建立和巩固立下大功。他的伯父耿弇更是东汉开国名将，被列为重兴汉室江山功劳最大的"云台二十八将"第四位。耿恭本人也是多有谋略的将帅之才。
东汉虽然名义上重新控制了西域，可是因为驻扎西域汉军的军力还是相对薄弱，立足不稳。一些西域小国也还是处于观望状态，匈奴人自然更是不甘心失败，始终虎视眈眈在等待反扑的时机。
