形势大好之下，洪秀全又疑虑石达开会成为第二个杨秀清，便提拔两个无才无德的哥哥主持军政大权。两个哥哥多次向洪秀全告状，使得洪秀全渐渐起了杀心，石达开见势头不妙，1857年从天京负气出走。
石达开虽然有他不得不走的苦衷，但是在洪秀全"承认"错误，罢免了两个哥哥官职，并派人到石达开军中送信后，仍然没有回心转意，从此走上了漫漫西征不归路。
如果石达开重回天京，借助当时他的超高人望，坐稳天国实权的第一把交椅，并拉拢陈玉成和李秀成，太平天国后期的局面将截然不同。但，这仅仅是假设罢了。
石达开与太平天国已然形同陌路，他虽然遥尊洪秀全为"主"，但事实上已经另立了山头。石达开的手下，他们可没有什么愚忠、不讲什么信仰，他们跟着石达开走，要的就是封王拜侯、封妻荫子的希望。可是石达开自始至终都没有改旗易帜，在名分上只是太平天国的一支孤军，无名无号，身份尴尬。众人始终做不了开国元勋，这让很多人离心离德。
