公元684年，也就是李贤被指谋反的第四年，高宗李治驾崩，老三李显即位，就是唐中宗。可是，李显只当了55天皇帝，就被他母亲武则天给废了，老四李旦就成了傀儡皇帝。完全掌握大权的武则天做了两件事，第一件事，就是把李贤发往湖北做了庐陵王。第二件就是派丘神勣前往巴州逼死了李贤。
那么，既然史料明确记载，是武则天派丘神勣去逼死李贤的，那武则天当然就是主谋了，怎么还会说李贤被杀是个谜案呢？这就要说到史学家兼文学家郭沫若的考证。
郭沫若发现，虽然《资治通鉴》里头有记载，说武则天派丘神勣前往巴州，并且风使杀之。但是同样作为史料，新旧唐书里的《章怀太子传》里面却没有这四个字。那么，作为《资治通鉴》的作者司马光，他又是怎么知道武则天风使杀之的呢？
所以，郭沫若认为，司马光说这话是没有根据的。那么，武则天派丘神勣前往巴州干什么呢？郭沫若认为她应该是想招李贤回京师，重新启用。只不过，在这个当口有人设下了阴谋。
唐朝有人写了一本书，叫《朝野佥载》，郭沫若根据这本书里的相关记载推算，使坏的这个人应该是当时的中书令裴炎。按照这个推测，裴炎应该是设局让丘神绩误解了武则天的意思，以为是要杀了李贤。而李贤也以为母亲真的容不下他了，所以自杀，这就是章怀太子之死，成为谜案的由来。
不过，对于郭沫若的这种推测，有学者认为有点牵强。首先武则天为了权利，她可以六亲不认，这是大家公认的。早年为了陷害王皇后，她不就杀了自个儿的女儿，再杀个儿子就不足为怪了。其次，就当时的形势来讲，武则天不可能容得下李贤。
为什么这么讲？我们知道，中宗李显登基是在公元684年。55天之后他被废了，接着是睿宗上台。可是，睿宗被废，武则天以武后身份君临天下，又是公元684年。也就是说，同一年之类，唐王朝换了三个皇帝。
这说明什么？说明唐高宗死了之后，武则天对登基称帝早就迫不及待了。但是，她的周边却危机四伏。因为当时的军队大多还掌握在李家皇族的手中，这些人都在观望。如果她贸然登基，一旦有一个人出来反对，只要这个人有足够的影响力，那局势很可能会立马翻转，前太子李贤恰恰就是这个有足够影响力的人。
前面讲了，李贤在监国期间，因为用心做事，关爱百姓，已经得到了群臣的拥戴。而四年前的所谓太子谋反案，有很多人就觉得这里有问题，不相信他会谋反。再加上李贤本身，就是李家的正统血脉，要赢得军队的支持，可以说是易如反掌。
所以，有学者就认为，趁李旦在位期间，假借风传造反一说逼死李贤，只不过是武则天为自己登基，消灭可能存在的对手罢了。李贤死后，在公元685年，武则天下子恢复了李贤的雍王称号，并且在巴州安葬了他。但是在705年，神龙政变之后，中宗李显上台，他想起了客死异乡的二哥，于是就派使者迎回了李贤的灵柩。同时追赠李贤为司徒，以亲王的身份把他陪葬在了乾陵，也就是现在的章怀太子墓。
