这一段时期的历史记载比较乱，有学者还将第二种划分延伸到1402年，即瓦剌首领布里牙特·乌格齐（赤力鬼）弑杀坤帖木儿后称汗，之后废除"大元"国号。
废除国号一事是明史中的记载，蒙古史中未见记载，这是出现不同划分的主要原因。若从也速迭尔算，是鞑靼取代北元。若从是赤力鬼算，是瓦剌取代北元。
1388年有个标志性事件，即蓝玉率军在捕鱼儿海大破北元。大汗脱古思帖木儿在逃亡途中被也速迭儿（阿里不哥后裔）所缢杀，终结了蒙古黄金家族的统治。
再看鞑靼和瓦剌。按照明朝的划分，北元之后的蒙古分为鞑靼和瓦剌，但以蒙古人来说并没有这种划分。鞑靼是指成吉思汗嫡系及蒙古东部草原部落的统称。
