姚广孝来到了北京，每天在朱棣的耳朵边，就是教唆他造反，这让朱棣很苦恼。
后来，一代开创之君，朱元璋驾崩，他的孙子，朱允文登基，也就是历史上有名的建文帝，朱允文刚刚登基没多大，就在身边一干老臣的劝说之下，进行了削藩。
但朱允炆太心急了，他根基不稳，虽然在他的雷厉风行之下削掉了几位藩王。但最大的问题还没有解决，这就是燕王和宁王。
姚广孝充分的意识到他的机会来了，在朱允炆的压迫和姚广孝的推动下，朱棣一拍桌子一咬牙造反了，打着清君侧的名义起兵对抗朱允炆。
并在清君侧的靖难之役中，姚广孝立下了汗马功劳，后来朱棣登基之后，就命姚广孝蓄发还俗，要封他高官厚禄，但他拒绝了；朱棣赐他豪宅、美良，他也不接受，只是日常居住在寺庙中，上朝时，穿上朝服，退朝之后就换回了僧衣。他到苏湖赈灾时，前往长洲，将获赐的黄金全部分发给宗族乡人。
