但是洪秀全太平天国并没有放弃抵抗，年轻将领李秀成带着洪秀全的儿子成功突围，但是由于兵荒马乱，最终"小天王"与李秀成失散，并且先后被清军抓捕。这时候，太平天国还在坚持对清军的抵抗，康王汪海洋重新将余部组织起来，准备南下与清军展开周旋，最后因叛徒泄密，汪海洋被飞来的流弹击中头部而死。
太平军残部被清军抓获，为了以儆效尤，他们残忍地将天国730余文武官员全部斩杀，至此，太平天国运动基本上完全失败了。但是太平天国运动无疑对于推翻清朝有着巨大的意义，实际上太平天国虽然被清朝镇压，但是清朝也处于名存实亡的境地了。以前清朝的兵力都掌握在八旗的手上，但是太平天国之后，军队就被曾国藩、左宗棠、李鸿章他们掌握了。
接下来就是袁世凯这些人掌握军事大权了，最终1912年在孙中山和袁世凯的共同作用下，清朝末代皇帝溥仪宣布退位。而袁世凯这些人之所以能够拥有逼迫溥仪退位的军事资本，一个重要的原因就是因为洪秀全的太平天国。如果不是太平天国的强大攻势逼迫清王朝慌了手脚，袁世凯他们是拿不到军权的。
