面对这种突然而至的变故，年轻气盛的努尔哈赤心中自然激愤难忍，一怒之下于当年五月，以父亲的十三副遗甲起兵，率领少数人马，展开了自己的复仇之路。由于力量悬殊，面对尼堪外兰的强大势力，努尔哈赤努力说服了萨尔浒城的诺米纳、嘉木湖寨主噶哈善、沾河寨主常书、杨书等人共同进攻尼堪外兰。这些人在一定程度上壮大了努尔哈赤原本单薄的势力，但即便如此，此时他的兵力依然不到一百人，这其中有作战盔甲的竟然只有区区三十人。然而就是凭借着这不足百人的队伍，努尔哈赤开始了类似于当年成吉思汗的草原逐鹿。在他果敢正确的指挥下，万历十一年五月，努尔哈赤将兵围攻仇敌苏克素护河部尼堪外兰的图伦城，尼城主尼堪外兰逃往靠近抚顺关的嘉班城。而攻克图伦城也代表着努尔哈赤正式开始了统一女真部落的大幕，这个曾经兴衰起伏的民族再一次在漫漫黑夜中找到了一丝火光，虽然这火光看上去是那么的微弱，但在草原之上，它却随时可以引燃一场熊熊烈焰。
打垮了尼堪外兰之后，努尔哈赤的部队又壮大了许多，周围各部纷纷归附。次年六月，又率兵五百人进攻董鄂部的翁鄂洛城。在战斗中努尔哈赤始终冲锋在前、浴血奋战，终于取得了胜利，接着，他和部属又攻占了兆佳城，征服了董鄂部，进一步壮大了自己的军事力量。
万历十三年，努尔哈赤进攻浑河部，在这次战斗中他一举挫败界凡、巴尔达、萨尔浒、加哈、托漠河五城联军共八百余人。第二年，又攻克了贝珲城，彻底降伏了浑河部。紧接着努尔哈赤乘胜攻克鄂勒珲城，继而杀掉了仇人尼堪外兰。没过多久整个苏克素护部便都臣服在了努尔哈赤的铁骑之下，而建州女真的其他部落首领也第一次感到了来自这个年轻人的强大压力。在初步建立了军事基础之后，努尔哈赤一鼓作气又拿下了其他几个部落。万历十六年，努尔哈赤打败了建州女真的最后一个强大的对手--完颜部落，这个曾经在南宋时期横刀中原的部族，在努尔哈赤面前完全没有了其祖先阿骨打的雄武，很快便顺从地臣服于女真人新的英雄。万历十七年努尔哈赤又攻克了建州女真最后一个独立政权兆嘉城，自此完成了对建州各部的统一。
统一建州女真之后，努尔哈赤的力量积蓄已经达到了一定水准。但是一贯计谋多端的他却并没有和他最大的仇人--明帝国撕破脸皮，反而继续保持着对明朝的臣服。而此时的大明王朝则正忙于远征宁夏鞑靼，辽东守将李成梁的大部分精锐军队都由其子李如松领往西北，因此面对努尔哈赤的逐渐强大，李成梁虽然感到忧心忡忡却并没有切实有效的办法，更抽不出大量兵力予以剿杀。在这种情况，明政府只好封努尔哈赤为都督金事，统领建州女真的一切军政事物，希望能以这种表面上的信任和纵容稳住努尔哈赤，保持辽东局势的稳定。
