明朝剿灭元朝的时候，也面临一个很重要的问题，那就是遗留的蒙古人的处理问题。元朝统治中原98年，有一部分蒙古人跟随元顺帝跑回了漠北，却还有几十万蒙古人留在了中原。因为他们已经适应了中原的生活，不想回到沙漠再去吃沙子。朱元璋虽然从小受尽人间疾苦，多大都来自元朝的暴政，但他也没有进行一刀切的杀戮政策。
朱元璋很明智，杀掉这些蒙古人会让民族冲突更激烈，对他的统治没有什么好处，于是太祖实行了积极的民族政策。让这些蒙古人融入汉人。明代设置的规定是，蒙古族女人必须嫁给汉人、蒙古族男人必须娶汉人为妻，并且在科举制度对蒙古人一视同仁，蒙古人一样可以做官并且可以官居要职。
在这种积极的民族政策的指导下，遗留蒙古人很快融入了汉人的大家庭，甚至还出现很多高级官员，例如跟随朱棣靖难的大将火真，靖难成功后封为同安侯。再如明末的名将满桂，也是蒙古人，在己巳之变为了守卫京城在京畿战死。朱元璋能够对蒙古人进行同化，其重要的一点就是汉人的数量占多数。
