但令李廷机万万没想到是，内阁大学士的生存环境竟如此的艰苦。万历皇帝久不上朝，文武百官的奏折是留而不发。官吏们该升的升不上去，该退休的也退休不了。很多衙门已经没有了主事之人，由别的部门代管。而有的衙门则连官印都丢失了。东林党官员们不敢向万历皇帝施压，便拿内阁成员开刀，而李廷机便是首当其冲的那个人。而东林党之所以逼他，也并不完全是为国为民，而是要让他们党派的李三才、郭正域两人入阁。
面对朝臣们咄咄逼人的态度，李廷机实在有点扛不住，便写辞呈辞职。但万历并没有给他任何回复，既没答应，也没挽留。李廷机觉得万历皇帝可能是在看他的态度。所以为了表明自己辞官的决心，他索性卖掉了自己在京中的住宅，将钱散给了贫困百姓，自己下朝后则回破庙居住。结果万历还是没搭理他。于是在五年的时间里，李廷机写了123份辞呈，但万历始终没有批复一个字。
俗话说："不在沉默中爆发，就在沉默中灭亡。"李廷机再也无法忍受万历冷淡的态度和群臣的逼迫，于是在万历四十年冒着杀头的风险擅自致仕回籍。没想到万历对于他的离开竟一点感觉都没有。直到他四年后在老家病逝，万历才大笔一挥，给他赐了个谥号"文节"。这对君臣也是够奇葩了。
