元文宗继位的消息传回上都后，泰定帝心腹大臣、中书左丞相倒剌沙与梁王王禅、辽王脱脱等人的强烈反对。经过商谈无果后，爆发了两都之战，在此战役中燕铁木儿亲自上阵，很快就打败了上都政权。元文宗将燕铁木儿封为中书右丞相、知枢密院事、加"答剌罕"称号，并赐太平王。
不久，流亡的元武宗长子和世又回到大都，顺理成章登上王位他就是元明宗。但是元明宗登基后对燕铁木儿的权力过大很反感，于是就开始各种排挤削弱燕铁木儿的势力。但是元明宗在一次南下大都时突然暴毙，很多人虽然怀疑燕帖木儿所为，但是摄于燕帖木儿的权势没有敢有异议的，于是元文宗继续做回了皇帝。
重新掌权后，燕铁木儿开始沉溺于美色。据有关史料记载，元文宗掌权时，曾按照宫廷惯例将泰定帝后妃发配安东州。当时有燕铁木儿亲自押送，但是燕帖木儿垂涎于帝后的美色，把他收为了小妾，从此帝后变成了太平王妃。
元朝宗族近40位公主，也被燕铁木儿纳为小妾。其中不少人为了避免因政治斗争失利而受迫害，都是自愿嫁给了他。元文宗不仅没有制止，并且让儿子认燕铁木儿为养父，由此可见当时的燕铁木儿权力已经大于皇帝，从此之后元朝皇帝彻底沦为了权臣手中的傀儡。
