倪瓒在当时社会上的声誉很高，明太祖也不会为芝麻小事杀死名士，但也不会一点不罚他。
四周禀报朱元璋说，"倪云林洁病，自古所无。"洁病，也就是洁癖，倪瓒号云林子，所以也叫倪云林。朱元璋一听你倪瓒不是爱干净吗，这次就让你脏一回。于是下诏书把倪瓒紧紧捆在粪桶上，捆个十天半个月的，看得见闻得着看你怎么矫情，哼。
要说朱元璋这招也够绝的，粪桶刑对别人不管用，对倪瓒来说比车裂凌迟都惨。对于一个上厕所都用鹅毛做装饰的人来说，和粪桶绑在一起真是奇耻大辱。倪瓒被绑了一段时间，朱元璋的气也消了于是把他放了。
1363年，倪瓒妻蒋氏病逝。两人长子早逝，次子又很不孝顺，加上生活要求太高，倪瓒变得孤苦无依。其间朱元璋下旨召倪瓒进京做官，但他因往事坚辞不赴。1374年中秋倪瓒得了痢疾，卧床不起大小便拉得全身都是，臭得无法靠近，脏得让人不敢正视。当年农历11月倪瓒在污秽中死去，终年73岁。
