1745年准噶尔汗国爆发大瘟疫，50岁的噶尔丹策零染天花身亡沙俄。准噶尔贵族为争夺汗位发生内讧，几个大部落相互攻伐。从西藏逃回的达瓦齐夺得统治权，自立为汗。
1755年二月，乾隆皇帝认为平定达瓦齐的时机成熟，发兵5万，人均配备3匹战马，兵分两路，渡过伊犁河逼近格登山，将达瓦齐叛军包围，达瓦齐率2千部众翻越天山而逃，后被擒获。1757年乾隆平定阿睦尔撒纳的叛乱，1760年冬准噶尔汗国灭亡。
乾隆帝收复新疆后，采取了极为残酷的屠杀政策。准噶尔原有60多万人口，由于战争、内讧、瘟疫、掳掠、逃亡和清军屠杀，最后仅剩7万余人。
乾隆写下《西师底定伊犁捷音至诗以述事》，记录了中国收复失地的这一历史时刻，诗云：" 乘时命将定条枝，天佑人归捷报驰。无战有征安绝域，壶浆箪食迎王师。两朝缔构敢石继，百世宁绥有所思。好雨优沾王宇拓，敬心那为慰心移。"。
