清朝崛起时，明朝的版图已经缩回汉地，只能有效控制传统的"两京十三省"。明末实际有效控制的行政区域为南直隶（南京）、北直隶（北京）、云南、陕西、湖广、江西、广东、广西、浙江、福建、辽东、河南、山西、贵州、山东。清朝实际得到的明末版图不会超过400万平方公里。
清朝崛起以后，在明朝末年的基础上招纳了漠南、漠北蒙古，击败了和硕特汗国、准格尔汗国，重新控制了青海、新疆、西藏、内蒙、外蒙等地。由于西藏物产贫瘠、路途遥远，时常有活佛叛乱发生，因此清朝在乾隆年间开始维持了固定规模的西藏驻军《清史·高宗本纪》。近代清朝受到列强的压迫，签订了许多丧权辱国的协议，并丧失了大量土地，同时接受了国际的疆域勘测标准。
清朝最大的贡献除了收复青海、新疆、内蒙、西藏以外，就是改变了对边远地区的行政管理。不同于明朝的是清朝分别设置了吉林将军、黑龙江将军、盛京将军分管东三省，三大将军的辖地演变就为了今天的吉林、黑龙江、辽宁三省。同时，清朝在新疆设置伊犁将军，在外蒙设置乌苏雅里台将军，都增强了对超远地区的控制，也奠定了近代的版图。
清朝灭亡前（1907年宣统元年）实际控制版图，可以看得出与乾隆年间相比，清朝的领土流失有多严重。
