南宋初年，名将马援的后代中又出了个武将马定虎，他的名气虽没有同时代的岳飞，韩世忠大，但也曾为南宋立下汗马功劳。《马氏家乘》记载，马定虎"陕西扶风茂陵庄人，汉伏波将军三十九代孙也"，曾在名将吴璘麾下担任武将。南宋西南大后方的"五溪蛮"，趁着南宋全力对抗北方金国、无暇南顾之机，兴兵造反。宋高宗命马定虎领兵出征，迅速平定五溪蛮叛乱。《石柱厅志》也记载，马定虎从此常驻西南，"乃置石柱安抚司，敕马氏世袭，节制九溪十八洞"，成为南宋西南屏藩，这也是四川石柱土司的肇始。
元朝建立后，同样对石柱马家将十分倚重，没有触动马氏家族的利益，仍然让他们世代镇守西南石柱地区。元末明初之际，石柱宣抚使马克用于洪武七年接受朱元璋的委任，使得马家将继续保持在西南石柱一带的利益和特权。有明一代，马家将一直在石柱地区保持着统治地位，威望素著，实力雄厚，"庶富为川东冠，忠路、酉阳、唐岩、沙溪等司，皆推石柱为司长"，也使得历来叛乱频繁的这一地区保持了数百年的安宁。
明朝末年，崇祯皇帝在位期间，随着明朝统治腐朽不堪，国防形势急剧恶化，关外的清军和西北的农民军李自成、张献忠等，内外夹攻，明军连战连败，统治行将崩溃。明朝军队战斗力的衰弱不堪，让崇祯急得抓耳挠腮又无可奈何。有大臣向他推荐了石柱土司马家将的"白杆兵"。所谓"白杆兵"，是石柱马家将训练出的一支精兵，作风剽悍勇猛，武器是清一色的长枪，"精强冠诸部，善用长矛"。在泰昌、天启年间，马家将的"白杆兵"已经多次奉诏出山，参与对清军作战和平叛战争，显示出强悍的战斗力。
崇祯无法可想，于崇祯三年下诏，招请马援后代石柱土司马家将出山，抗击清军和农民军。此时石柱马家将的传人马千乘已经故去，他的遗孀秦良玉担任掌门人。秦良玉文武双全，是个女中将才，但她生于万历二年，此时已经是个五十七岁的老太太了。但马家将后继有人，马千乘和秦良玉之子马祥麟年轻有为，骁勇善战，"雄躯伟干，勇力绝伦"，是新一代马家将的代表人物。史料记载，他多次参与过明朝对抗清军的大战，在浑河之战中，清军一箭射中他的一只眼睛，但马祥麟却行若无事，"目中流矢，犹拔矢策马逐贼，斩获如故"，拔出箭接着冲锋陷阵，其悍勇气势，连号称无敌的八旗清军都为之胆寒。
