拥有如此显赫地位的一群人，在明朝灭亡后，他们又去了哪里呢？
据史料记载，明末最后一任锦衣卫掌印都督洛养性，也就是锦衣卫们的头头。此人深受崇祯信任，结果李自成攻入京城，洛阳性连忙献上3万两白银，得以活命。可考的历史资料中，仅有一名锦衣卫指挥同知李若琏，死守城门直至战死。
不久李自成就被赶走，多尔衮带领八旗军入主紫禁城，这时洛阳性又赶紧带人在城门口迎接，投降了清朝。清朝廷为了笼络人心，不但没杀洛阳性，还加封他为天津总督，结果仅仅过了三个月，洛阳性就被降职，夺去实权，最后郁郁而终。
对于残余的锦衣卫，清朝廷没有直接抹杀，而是接管了整个机构，但取消了锦衣卫侦缉、监狱的职能，只管理皇帝仪仗人员。一年后锦衣卫更名为銮仪卫，从此锦衣卫这个名字彻底从历史上消失了。
