不过，高国一展身手之前还得再接受考验。永正六年（一五零九）六月，潜伏在近江的澄元派在三好之长带领下试图反击，但被高国及义兴派出的联军大败。同时他们又派出刺客，图谋暗杀义稙，也以失败告终。怒不可遏的义稙想反过来作出回应，但同样无功而返。
到了永正八年（一五一一），这次义澄和澄元方终于来一次准备十足的反击。两方连同原本嫉妒高国的两个细川氏分家──细川政贤及细川尚春于七月一起围攻京都。但是，由于义澄方的兵力始终没有高国、义兴来得多，在八月末爆发的船冈山之战中大败，战死者近四千人。受到大败的打击，将军义澄一病不起，最终病死在近江国冈山（今．滋贺县近江八幡市）。澄元为了不被高国方得知义澄的死讯，下命严防泄密，但终于还是无法扭转颓势，澄元党再次逃到阿波，寻求再起的机会。
在船冈山之战获得胜利的高国，靠着大内义兴的强大军事支持，以及前将军义稙复位的好气势，暂时稳住了阵脚，幕府的统治也于永正八年（一五一一）底正式重新上路。在接下来的三十年里，陷入分裂的管领细川家和将军家都为了打倒对手，以京都为中心展开多次的驱逐战、狙击战，可是，最终的结局却是各方都意想不到的两败俱伤。
日本战国时代：一人之下万人之上的细川政元为何要谋划明应政变？
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