另外，家臣之间为了各自的利益，都严防对方扶摇直上，对于政元刻意提拔任何一方，其他对立的家臣都不愿轻易支持，这也使政元在如何管理庞大而又利益交错的家臣团上，感到十分烦闷。后来，当政元收养养子后，家臣们因为不能确认向来我行我素、不顾他人的政元会在什么时候又有新花样，打乱自己的部署，于是索性反客为主，抢先把政元赶下台来自保。
最先发难的是澄元派的药师寺元一，但是他在永正元年（一五零四）发动的谋反很快便告失败，与事件脱离不了关系的澄元虽然因为生家实力雄厚，并没有被追究责任，但这次谋反失败后，他的地位也受到了打击。
与此同时，谋反事件一出，另一方的澄之派也蠢蠢欲动，支持澄之的香公元长及药师寺长忠（元一之弟）起来发难，终于成功彻底除去了碍事的主君，并迫使对手澄元党逃出京都。就这样，大胆废立将军，制造幕府分裂的管领细川政元终究以自己的生命亲尝被家臣出卖背叛的滋味。然而，他却没有足利义稙那样幸运，获得翻盘再来的机会。更有甚者，管领细川家一向以一族团结和谐著称，傲视各个饱受同族内讧困扰的武士领主，在细川政元被杀身亡后也终究陷入了分裂。原本在政元主导下又稍为恢复稳定的中央局势，再一次陷入混乱。
眼见京畿一带将再次陷入战火之中，京都上下人心惶惶，逃亡避难者络绎不绝。犯上杀父大罪的澄之派还没来得及要求将军义澄任命澄之为新管领，一直韬光养晦的细川高国便已站了出来为养父报仇。同年八月，高国连同其他细川家分家的军队攻灭了澄之及其主要党羽，澄之派被完全消灭。
