但是，方孝孺到底是怎么死的，"十族"中又有多少人被害，却有很多版本。比如，《明史纪事本末》说"磔之（方孝孺）聚宝门外"，意思是方孝孺死于凌迟，受株连而死的共有873人。《明史·方孝孺传》也是说他死于凌迟，遇难者共847人，但没有说"诛十族"的事。还有其他版本则说方孝孺被腰斩（或者车裂）之后还在地上写下了十二个半"篡"字。
方孝孺被诛十族之事历来受到学者们的质疑，因为此案疑点太多：
诛十族之事最早见于祝枝山《野记》，这本书本来可信度就很低。并且，朱棣在公元1402年称帝，但祝枝山在公元1461年才出生。其他记载诛十族的成书时间更晚，如《宁海县志·方孝孺传》成书于明崇祯年间、《明史纪事本末》大概成书于清朝康熙年间。而《方何宗谱》记载，方孝孺的幼子并未被杀，他的后人改姓何，方孝孺的七世孙还受到嘉靖皇帝的册封。
可见，方孝孺被诛十族之事未必是真。另外，说此事完全是清朝抹黑也站不住脚，毕竟首次记载此事的是明代的祝枝山，但清朝对此大肆渲染倒有可能是真的。但如果方孝孺真的因为"气节"而被诛十族，万古流芳的他，是不是愧对另外八百多冤魂？
