根据种种线索猜测，马新贻被刺杀与湘军是脱不了关系的；因为马新贻被调往两江，应该是调查失踪的太平天国国库，这是朝廷急需的一笔庞大财富，在湘军破城之后，却突然消失。而且当时湘军拥兵三十余万，而且这支军队只听曾国藩的调遣，这让朝廷坐卧难安；朝廷之所以将曾国藩调往直隶，应该就是便于控制，一旦查出"刺马案"与曾国藩或者湘军有关，就会立即擒杀曾国藩。
但两江地区早已被曾国藩建设得如同铁桶一般，郑敦谨等人在江宁地区自然也是感觉出来了，如果真将实情报上去，纵然曾国藩被杀，但曾国藩还有个更加无法无天的弟弟--曾国荃，且曾国荃能力和威望丝毫不弱于曾国藩，曾国藩之所以稳如泰山，就是知道这一切。但曾国藩也是聪明人，在"刺马案"后不久，便主动上奏，请求裁军，双方皆大欢喜，而这桩奇案，就此成了悬案，也没人去追究了。
