更有甚至，八旗旗主和他手下的战士还以君臣相称，清皇室也不能干预分毫。并且，如果旗主犯下不可饶恕的罪行被处死，继位者不能由皇帝派遣，必须从他的嫡系宗亲中挑选继任者，如此便保证了八旗血统的纯正性。
这么看来，八旗旗主甚至有僭越皇权的可能性。所以，在八旗制度的弊端越来越显现出来的时候，历代皇帝发现因为他们的存在，皇权越来越难以集中，而且在八旗中一度还有"只知有旗主而不知有君王"的说法。尤其在顺治继位那会，作为摄政王的正白旗旗主多尔衮还屡次逼他叫自己皇父。这样嚣张的八旗，皇帝们自然是不能够容忍的。
于是后来康熙继位之后，他便对八旗旗主的权力加以遏制。但是权力虽然比之前削弱了，但是这些八旗旗主依旧还是摄政王大臣，他们完全独立于九品官衔制度，且比其中任何一个官员制度都要高。所以，文武百官看到他们，不管官至何种地位，都需跪迎。就连和珅这种乾隆肚子里的蛔虫，甚至在乾隆退休后，做到"二皇帝"地位的人，也不能例外。
